| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,616,947 | A→T | 11.7% | E63D (GAA→GAT) | yhhH → | putative immunity protein for putative polymorphic toxin RhsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,616,947 | 0 | A | T | 11.7% | 686.9 / 70.6 | 237 | E63D (GAA→GAT) | yhhH | putative immunity protein for putative polymorphic toxin RhsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (97/112); new base T (11/16); total (109/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TTTAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAAT > CP009273/3616798‑3617096 | tttAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGaa > 1:4613491/1‑150 (MQ=255)tttAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGaa > 2:606074/1‑150 (MQ=255) tAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAAtt > 1:128828/1‑150 (MQ=255) 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gCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGtt < 1:622430/150‑1 (MQ=255) tataGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGtttt > 1:3502795/1‑150 (MQ=255) taGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTtta < 1:1668966/150‑1 (MQ=255) cATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTttatta < 2:4619061/150‑1 (MQ=255) aTTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTtattat < 2:1997903/150‑1 (MQ=255) aTTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTtattat > 2:2608954/1‑150 (MQ=255) aTTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTtattat > 1:3940522/1‑150 (MQ=255) ttGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATtata < 1:3830549/150‑1 (MQ=255) tGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAg < 1:3147717/150‑1 (MQ=255) tGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAg > 1:4156199/1‑150 (MQ=255) aTTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAAt > 1:1804321/1‑150 (MQ=255) aTTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAAt < 2:90038/150‑1 (MQ=255) | TTTAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAAT > CP009273/3616798‑3617096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |