Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,652,706 | G→T | 14.4% | V39F (GTC→TTC) | mdtE → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,652,706 | 0 | G | T | 14.4% | 875.1 / 86.9 | 263 | V39F (GTC→TTC) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/112); new base T (24/14); total (137/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GAACCGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCG > CP009273/3652557‑3652855 | gAACCGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTgtcg < 1:3008803/150‑1 (MQ=255) ccGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTca > 2:1653607/1‑150 (MQ=255) cGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTcac < 1:2236948/150‑1 (MQ=255) ttATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCacac < 2:2353981/150‑1 (MQ=255) tATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACAct < 1:1040662/150‑1 (MQ=255) ttCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACtctc > 1:4298799/1‑150 (MQ=255) cAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTccccc > 1:1601927/1‑150 (MQ=255) aaGAATTTTCAGGGACTAAAATGTACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACAGTTGTTATTCAGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGAGGAAAACGCCGCCCCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCg > 2:3064262/1‑150 (MQ=255) 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aTTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTc < 2:2313550/150‑1 (MQ=255) ttttCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCTTCACACTCTCCCCCGGTTCg > 2:3607586/1‑150 (MQ=255) ttCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGt < 2:3712635/150‑1 (MQ=255) gggACTAACATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAAt < 1:763538/150‑1 (MQ=255) gACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAAtgt < 2:4626917/150‑1 (MQ=255) gACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAAtgt < 2:458943/150‑1 (MQ=255) cTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATgtgt > 2:3425939/1‑150 (MQ=255) cTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATgtgt > 2:547215/1‑150 (MQ=255) tAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCAGCGATGACAAATAGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCTTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATgtgta > 1:530067/1‑149 (MQ=255) aaaTGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCTTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGa < 2:2773371/150‑1 (MQ=255) 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cAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAAtt < 1:2035702/150‑1 (MQ=255) agaagaagaAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCTTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTg > 2:771248/1‑150 (MQ=255) gaagaaAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCg > 2:1769540/1‑150 (MQ=255) gaaAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGTAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTa < 1:1107317/150‑1 (MQ=255) gaaAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTa > 2:1026417/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |