Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,680,907 | C→A | 13.1% | D543Y (GAC→TAC) | bcsC ← | cellulose synthase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,680,907 | 0 | C | A | 13.1% | 794.5 / 65.1 | 234 | D543Y (GAC→TAC) | bcsC | cellulose synthase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/92); new base A (17/14); total (128/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
CGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTG > CP009273/3680758‑3681055 | cgcttcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTc < 1:3069325/150‑1 (MQ=255) cgcttcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTc > 1:2484723/1‑150 (MQ=255) cttcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCAt > 2:1191766/1‑150 (MQ=255) cttcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCAt < 2:1916488/150‑1 (MQ=255) ttcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGGTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCAtt > 1:3641826/1‑149 (MQ=255) tcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCAtta < 2:3810194/150‑3 (MQ=255) tcTGCCTCTTTGCCGATTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAAACAGCTCCTTAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCATAGCCGCTCTGTCCTGGTCAtta > 1:2775073/1‑148 (MQ=255) gCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCa < 1:151815/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCa < 1:1770438/150‑1 (MQ=255) ctTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTCTTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTAATTACCagaga > 2:2911969/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAgg < 2:3475610/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTAATTACCAGAGAgg > 1:4197340/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGt > 1:454197/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGt < 1:1262533/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTAATTACCAGAGAGGt > 2:730381/1‑150 (MQ=255) gCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTa < 2:458018/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTa > 1:2881662/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTaa < 1:2293855/150‑1 (MQ=255) 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ggTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTc > 2:2044391/1‑150 (MQ=255) gTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCCGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTcc > 2:869093/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCgg < 2:3392181/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCgg > 1:652157/1‑150 (MQ=255) tCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCggg > 2:2750926/1‑150 (MQ=255) 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cGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTAATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTct < 2:1457690/150‑1 (MQ=255) gCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACAGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCAGCTCCGGGTCGTTCGACATCTGCTgcg > 1:407922/1‑150 (MQ=255) cAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTgcgc > 2:1653247/1‑150 (MQ=255) tCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTAATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAg > 1:4272479/1‑150 (MQ=255) cGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGa < 2:294156/150‑1 (MQ=255) cGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGa > 1:4444693/1‑150 (MQ=255) aTTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGAtt < 2:2617391/150‑1 (MQ=255) aTTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGAtt > 2:3925767/1‑150 (MQ=255) ttAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTg > 1:2355670/1‑150 (MQ=255) tAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTgc > 1:3287166/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |