Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,701,444 | G→A | 7.3% | intergenic (‑379/+532) | dppA ← / ← proK | dipeptide transporter/tRNA‑Pro |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,701,444 | 0 | G | A | 7.3% | 982.8 / 42.5 | 286 | intergenic (‑379/+532) | dppA/proK | dipeptide transporter/tRNA‑Pro |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/141); new base A (10/11); total (134/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAGGGCCAGCCATAAGTAACGCAAAAAAAGATTTAAGCAAATATAAAAAAAGACAATGGTTTCTGTCACAAATCCGTTAATGGATAGTGA > CP009273/3701295‑3701593 | agaATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGaaa < 1:1208659/150‑1 (MQ=255) gaATCCACACACAAATATTAAAAAAACTACAAACAGCTATTTGCAGAAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTTAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGATGaaa < 2:490157/150‑1 (MQ=255) aTCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAg < 2:113738/150‑1 (MQ=255) 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acacaAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGat < 2:2467969/150‑1 (MQ=255) acacaAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGat > 2:335361/1‑150 (MQ=255) acacaAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGAAAAAGGTGGat > 2:4168107/1‑150 (MQ=255) caAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATc > 2:3085666/1‑150 (MQ=255) aaaGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCt < 2:777404/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |