Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,736,058 | C→A | 10.2% | intergenic (‑166/‑35) | yiaJ ← / → yiaK | transcriptional repressor of yiaK‑S operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP009273 | 3,736,058 | 0 | C | A | 10.2% | 877.2 / 51.4 | 246 | intergenic (‑166/‑35) | yiaJ/yiaK | transcriptional repressor of yiaK‑S operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (123/98); new base A (15/10); total (138/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAATCGGGTCTTAATTTCACGCGGCGTTGACAGCGAAACGGCTGACGCCTGTGCAGAGATGTTCGCCCGCACCACCGA > CP009273/3735909‑3736205 | tAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCa < 2:118592/150‑1 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCaa < 2:2849534/150‑1 (MQ=255) cgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCaaaa < 1:4125203/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |