Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,819,936 | C→A | 45.5% | T456K (ACG→AAG) | recG → | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,819,936 | 0 | C | A | 45.5% | 242.6 / inf | 285 | T456K (ACG→AAG) | recG | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (92/63); new base A (67/63); total (159/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GTCTGGCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAGGCGGCGGAA > CP009273/3819789‑3820084 | gTCTGGCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCAAGc > 2:754488/1‑150 (MQ=255) ggCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGt < 2:2944992/150‑1 (MQ=255) gCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGACGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCAAGCCAGTg < 2:2270591/150‑1 (MQ=255) 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gCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGa > 1:1836368/1‑150 (MQ=255) gCTGCCGCAAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCTCGTGCACCACGCCTGAATAACTGAATGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGa < 2:4121048/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCAGGCCGCAAGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAg > 1:3329086/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCAGGCCGCAAGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCAGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAg > 2:2517952/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCAGGCCGCAAGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGAAACCCGCCGGACCCACATCATTTACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACAGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTAGGTTTTTTTAAGAGTCGGTATTGGTGGAAg > 1:1010543/1‑150 (MQ=255) cgccAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACAGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGGTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAgcgc > 1:2025178/1‑150 (MQ=255) aGGCCGCAAGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAggc < 1:754488/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCAAGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAggc > 2:3551/1‑150 (MQ=255) gCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAggcgg > 2:3785897/1‑150 (MQ=255) ccGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAggcggc > 2:2649066/1‑150 (MQ=255) cGCAAGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAGgcggcg > 2:2296223/1‑150 (MQ=255) aCGCCAGTGACTACGGTCGCTATTACTGATACCCCCCGTACCGACCTCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAGGCGGCGGaa > 1:2320053/1‑150 (MQ=255) | GTCTGGCATTGTGGGAGAAAGGCCAGCAGCAGGGCTTCCATCCGCATCAGTTGATCATGACCGCCACGCCGATCCCCCGCACGCTGGCAATGACTGCGTATGCCGATCTCGATACCTCGGTGATAGATGAGCTGCCGCCAGGCCGCACGCCAGTGACTACGGTCGCTATTCCTGATACCCGCCGTACCGACATCATTGACCGCGTGCACCACGCCTGCATAACTGAAGGTCGTCAGGCATACTGGGTTTGTACGTTGATTGAAGAGTCGGAATTGCTGGAAGCGCAGGCGGCGGAA > CP009273/3819789‑3820084 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |