| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 32,659 | C→A | 5.9% | R615S (CGC→AGC) | carB → | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 32,659 | 0 | C | A | 5.9% | 1102.2 / 27.1 | 287 | R615S (CGC→AGC) | carB | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (139/131); new base A (14/3); total (153/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTACGGCGGTCAGACCCCGCTGAAACTGGCGCGCGCGCTGGAAGCTGCTGGCGTACCGGTTATCGGCACC > CP009273/32510‑32808 | ttGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGACTACGACACTTCCGAcc < 1:439263/150‑1 (MQ=255)ttGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGAcc > 2:445726/1‑150 (MQ=255) ggcggcggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGc > 1:2220623/1‑150 (MQ=255) ggcggcggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGc > 1:2966852/1‑150 (MQ=255) ggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTAc > 2:3559876/1‑150 (MQ=255) ggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTAc > 1:3325662/1‑150 (MQ=255) cccGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACtt > 1:3850529/1‑150 (MQ=255) aaCCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAg > 1:3150050/1‑150 (MQ=255) ccGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGcc < 2:1712676/150‑1 (MQ=255) ccGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGcc < 2:4382506/150‑1 (MQ=255) cGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCg > 1:4572832/1‑150 (MQ=255) cGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCg > 1:4134248/1‑150 (MQ=255) cGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCg < 2:315955/150‑1 (MQ=255) gTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACAGCCTCTACTTCGAGCCgg > 1:1661509/1‑150 (MQ=255) tATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCGGGt < 2:3192871/150‑1 (MQ=255) tATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCGGGt < 2:546193/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAAc > 2:1336486/1‑150 (MQ=255) gTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAActc < 2:3740977/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |