Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 317,205 | G→A | 94.4% | intergenic (+413/‑114) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 317,205 | 0 | G | A | 94.4% | 1042.6 / 38.5 | 322 | intergenic (+413/‑114) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/4); new base A (171/132); total (186/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.85e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
AAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGAC > CP009273/317060‑317354 | aGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAAGggtg < 2:4543548/150‑1 (MQ=255) gATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATGTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAAGGGTGGTa > 2:851838/1‑150 (MQ=255) tGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAAGGGTGGTATg < 1:3388127/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |