| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,890,960 | T→A | 7.4% | F32Y (TTC→TAC) | cbrB → | PRK09823 family inner membrane protein, creBC regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,890,960 | 0 | T | A | 7.4% | 872.2 / 44.6 | 270 | F32Y (TTC→TAC) | cbrB | PRK09823 family inner membrane protein, creBC regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (134/115); new base A (10/10); total (144/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
CCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACCGCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGT > CP009273/3890811‑3891108 | cccTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAttctt < 1:4400355/150‑1 (MQ=255) cACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCaa > 2:506545/1‑150 (MQ=255) cACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCaa > 2:2625150/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |