Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,999,692 | G→T | 12.8% | D157Y (GAT→TAT) | recQ → | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,999,692 | 0 | G | T | 12.8% | 802.2 / 63.6 | 234 | D157Y (GAT→TAT) | recQ | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/108); new base T (16/14); total (112/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TGATGACAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTGATTCAAATCAGC > CP009273/3999543‑3999841 | tgatgaCAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACg > 2:2567064/1‑150 (MQ=255) atgaCAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGAt > 2:1050775/1‑150 (MQ=255) atgaCAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGAt < 2:2350644/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCg > 2:306994/1‑150 (MQ=255) ccGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGa < 2:4319651/150‑1 (MQ=255) cGCACTGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGaa > 2:3374383/1‑150 (MQ=255) ccGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATg < 1:385211/150‑1 (MQ=255) cGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGc < 1:2281691/150‑1 (MQ=255) 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atatCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCACTGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGcc < 2:3631564/150‑1 (MQ=255) gCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCgg > 1:1014/1‑150 (MQ=255) cccGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACTATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGtt > 2:1315946/1‑150 (MQ=255) cccGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGtt > 2:1868568/1‑150 (MQ=255) cccGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGtt > 1:2450824/1‑150 (MQ=255) 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aCTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGa < 1:4150474/150‑1 (MQ=255) tGTATCTCCCAATGGGGCCACTATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAAc < 2:1081694/150‑1 (MQ=255) tGTATCTCCCAATGGGGCCACTATGTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAAc < 2:1081631/150‑1 (MQ=255) gTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACg < 2:4226644/150‑1 (MQ=255) tATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGa > 2:2035612/1‑150 (MQ=255) 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cGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTGATTCAAATcag > 1:4355934/1‑150 (MQ=255) gATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTGATTCAAATcagc < 2:415539/150‑1 (MQ=255) | TGATGACAGGCTGCCGCACCGGGCAAATTCGTCTGCTTTATATCGCCCCGGAACGCCTGATGCTGGATAACTTTCTTGAGCATCTGGCGCACTGGAATCCGGTGTTATTAGCCGTTGATGAAGCGCACTGTATCTCCCAATGGGGCCACGATTTCCGCCCGGAATATGCCGCGCTCGGTCAGTTGCGCCAGCGGTTCCCGACGCTGCCGTTTATGGCGCTGACCGCCACAGCCGACGACACCACGCGCCAGGATATCGTGCGCCTGCTGGGGCTGAACGATCCGCTGATTCAAATCAGC > CP009273/3999543‑3999841 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |