Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,037,484 | T→A | 6.4% | intergenic (+80/‑75) | dsbA → / → yihF | periplasmic protein disulfide isomerase I/DUF945 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,037,484 | 0 | T | A | 6.4% | 864.7 / 36.4 | 264 | intergenic (+80/‑75) | dsbA/yihF | periplasmic protein disulfide isomerase I/DUF945 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (123/124); new base A (10/7); total (133/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TACCAGCAATATGGATGTTTTTGTTCAGCAGTATGCTGATACAGTGAAATATCTGTCCGAGAAAAAATAATTCAATGTAAATTACATAAAGCCCGTGAATATTCACGGGCTTTTTTTATTATTTAATAAATATAAATACATTCTGATAATGCATCCTGCCGCTGGACATTATTTCAGCATAAGTGGATATTCAAAGTTTTGCTGTTTTATCAGGGAATATTTATATGATACGTAAGTCAGCTACAGGTGTTATTGTTGCGTTAGCCGTAATCTGGGGTGGTGGCACATGGTACACAGGT > CP009273/4037335‑4037633 | tACCAGCAATATGGATGTTTTTGTTCAGCAGTATGCTGATACAGTGAAATATCTGTCCGAGAAAAAATAATTCAATGTAAATTACATAAAGCCCGTGAATATTCACGGGCTTTTTTTATTATTTAATAAATATAAATACATTCTGATAAt < 1:1064815/150‑1 (MQ=255) tACCAGCAAGATGGATGTTTTTGTTCAGCAGTATGCTGATACAGTGAAATATCTGTCCGAGAAAAAATAATTCAATGTAAATTACATAAAGCCCGTGAATATTCACGGGCTTTTTTTATTATTTAATAAATATAAATACATTCTGATAAt < 2:2404327/150‑1 (MQ=255) agaattatGGATTTTTTTGTCAATCTGTATGCTGATACTGTGAAATATCTGTACTAGAAAAAATAATTCACTGTAAATTACATAAAGCCCGTGAATATTCACTGTCATTTTTTATTATTTAATAAATATAAATACATTCTGATAATGctt < 1:2379315/145‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |