| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,086,370 | G→T | 9.8% | intergenic (‑187/+114) | frvA ← / ← rhaM | putative enzyme IIA component of PTS/L‑rhamnose mutarotase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,086,370 | 0 | G | T | 9.8% | 939.7 / 53.0 | 264 | intergenic (‑187/+114) | frvA/rhaM | putative enzyme IIA component of PTS/L‑rhamnose mutarotase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/122); new base T (14/12); total (130/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
ATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACTCACAATGTATCAGGGAAATATAACTTACCGGGAGATGTAATATGTTTAATTTTTCAAATCGAAATTTAAAATATTGTGCCGGAGGCATCTCTGGCACATTGGGCAATTACGGCAGGTAAAACACTTCTTGCAGCTCGCTACT > CP009273/4086221‑4086519 | tggtggAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGa < 2:3187650/150‑1 (MQ=255) tggAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGTTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGAttt < 2:4368138/150‑1 (MQ=255) aGCGATTAAGTTATGAGAGGAGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGTTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTCATTATTTTTGTGATTTACt < 1:2460034/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |