Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,211,576 | G→T | 100% | S280R (AGC→AGA) | arpA ← | ankyrin repeat protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,211,576 | 0 | G | T | 98.5% | 948.1 / 4.0 | 274 | S280R (AGC→AGA) | arpA | ankyrin repeat protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base T (146/124); total (148/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATAAACCGAAACCACGTAATGGGTACATCCTTCAGTTGTGTTCTTTATTCTTAGCCGGACCGTCAAAGCATGGTTATCCACCAGTAATATGGCTGCCATAACACTGAT > CP009273/4211429‑4211722 | ttttAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTctct < 2:912319/150‑1 (MQ=255) ttttAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTctct < 2:2093789/150‑1 (MQ=255) tttAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTtctctc < 1:413495/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |