| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,247,427 | G→T | 44.5% | D129Y (GAC→TAC) | lexA → | transcriptional repressor of SOS regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,247,427 | 0 | G | T | 44.5% | 243.8 / inf | 283 | D129Y (GAC→TAC) | lexA | transcriptional repressor of SOS regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (76/81); new base T (49/77); total (125/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TAGGTCGTGTGGCTGCCGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCAATAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGT > CP009273/4247278‑4247575 | aGGTCGTGTGGCTGCCGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGa > 2:981916/1‑150 (MQ=255) gTCGTGTGGCTGCCGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACt < 1:4564566/150‑1 (MQ=255) gTCGTGTGGCTGCCGGTGAACCACTTCTGGCGCAACAGCATATAGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGAATGCTGATTTCCTGCTGCGCGTCAGTGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACt < 2:2981676/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |