Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,256,589 | G→T | 15.9% | E294* (GAA→TAA) | alr → | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,256,589 | 0 | G | T | 15.9% | 1037.4 / 118.2 | 323 | E294* (GAA→TAA) | alr | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/148); new base T (32/20); total (155/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
GTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTAC > CP009273/4256443‑4256738 | gtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAg > 1:4343977/1‑150 (MQ=255) gtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGAGCTGGTGAACGGTCGCGAAg > 2:4271291/1‑150 (MQ=255) aTAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGa > 1:2220523/1‑150 (MQ=255) tAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGAt < 2:4069107/150‑1 (MQ=255) aaaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGAtt < 1:2251805/150‑1 (MQ=255) aGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGt > 1:4261844/1‑150 (MQ=255) gagaGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGgc > 2:4165254/1‑150 (MQ=255) agagCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGgcg > 1:1722311/1‑150 (MQ=255) 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gTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCg < 2:1819692/150‑1 (MQ=255) gTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCg < 1:4048839/150‑1 (MQ=255) ttGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGCCTTAGTCGCGATGGGATATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTCCGCCAGTGATGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGGCGGGCGCGTGGCGa > 1:3629257/1‑150 (MQ=255) tGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGAt < 1:958192/150‑1 (MQ=255) aTGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGata < 1:4480884/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |