| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,275,142 | C→A | 93.0% | intergenic (‑1/+199) | yjcH ← / ← acs | DUF485 family inner membrane protein/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,275,142 | 0 | C | A | 93.0% | 838.8 / 55.1 | 286 | intergenic (‑1/+199) | yjcH/acs | DUF485 family inner membrane protein/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/5); new base A (138/127); total (154/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GCCGGGCGCGAAGGCGATCAGTAAAATAAAGCCGATATAAACTGCCAGCATAATAATCGACAGGATGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTTTCGACTAACTCCCTGAAATGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTC > CP009273/4274995‑4275288 | ccGGGCGCGAAGGCGATCAGTAAAATAAAGCCGATATAAACTGCCAGCATAATAATCGACAGGATGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTTTCGACTAACTCCCTGAAATGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATaaca < 2:188029/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCGAAGGCGATCAGTAAAATAAAGCCGATATAAACTGCCAGCATAATAATCGACAGGATGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTTTCGACTAACTCCCTGAAATGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATcacat > 2:1497454/1‑149 (MQ=255) gcgcGAAGGCGATCAGTAAAATAAAGCCTATCTAAACTGCAAGCATAATAATCGACTGGTTGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTTTCGACTAACTCCCTGAAATGCGCAGTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATAACAGAtt < 1:542371/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |