| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,316,794 | 0 | G | A | 33.9% | 308.8 / 228.4 | 228 | intergenic (‑243/‑158) | yjdM/crfC | zinc‑ribbon family protein/clamp‑binding sister replication fork colocalization protein, dynamin‑related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/78); new base A (39/38); total (111/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAACGTATCAGAAGACGTTATTTATTCTGATAAAAAACAACACACTAAATATAAAATTATTTCTTGCAGTAATTATAAAAGCCGAAAACAGAACTCAAAAACAATCTGGCTAAATAAAATAACAAAATTTGCTTTAAGGAAG > CP009273/4316646‑4316943 | tACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTCTTTATTATTTAAGATCATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTAACGttt > 2:2358444/1‑150 (MQ=255) tACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGttt < 1:55391/150‑1 (MQ=255) aCTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGtttt < 1:1626593/150‑1 (MQ=255) 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ttCTAACGTTTTAAACGTATCAGAAGACGTTATTTATTCTGATAAAAAACAACACACTAAATATAAAATTATTTCTTGCAGTAATTATAAAAGCCGAAAACAGAACTCAAAAACAATCTGGCTAAATAAAATAACAAAATTTGCTTTAAg < 2:3515692/150‑1 (MQ=255) tCTGACGTTTTAAACGTATCAGAAGACGTTATTTATTCTGATAAAAAACAACACACTAAATATAAAATTATTTCTTGCAGTAATTATAAAAGCCGAAAACAGAACTCAAAAACAATCTGGCTAAATAAAATAACAAAATTTGCTTTAAgg < 2:209631/150‑1 (MQ=255) | GGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAACGTATCAGAAGACGTTATTTATTCTGATAAAAAACAACACACTAAATATAAAATTATTTCTTGCAGTAATTATAAAAGCCGAAAACAGAACTCAAAAACAATCTGGCTAAATAAAATAACAAAATTTGCTTTAAGGAAG > CP009273/4316646‑4316943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |