| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,402,105 | A→T | 15.9% | I104F (ATT→TTT) | yjfL → | UPF0719 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,402,105 | 0 | A | T | 15.9% | 671.2 / 108.4 | 245 | I104F (ATT→TTT) | yjfL | UPF0719 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (99/107); new base T (15/24); total (114/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CATTGTTGGGTTACGTTATCCCCTTATCCAGTGCGGCAATCAATGCGGTGAGTATTCCAGACTATTTCGCCTGGGGCGGGATTGCACTGGTGATTCAGTTACTCGTTTTTGCTGGTGTCAGACTTTATATGCCCGCATTAAGCGAAAAAATTATTAATCACAATACCGCAGCAGGAATGTTTATGGGAACCGCCGCGCTGGCTGGCGGTATTTTTAACGCAGCTTGTATGACATGGTAATGGACGATCATGGCCAGAAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCG > CP009273/4401956‑4402254 | aTTGTTGGGTTACGTTATCCCCTTATCCAGTGCGGCAATCAATGCGGTGAGTATTCCAGACTATTTCGCCTGGGGCGGGATTGCACTGGTGATTCAGTTACTCGTTTTTGCTGGTGTCAGACTTTATATGCCCGCATTAAGCGAAAAAat > 2:3634973/1‑150 (MQ=255) tgttgGGTTACGTTATCCCCTTATCCAGTGCGGCAATCAATGCGGTGAGTATTCCAGACTATTTCGCCTGGGGCGGGATTGCACTGGTGATTCAGTTACTCGTTTTTGCTGGTGTCAGACTTTATATGCCCGCATTAAGCGAAAAAatta > 2:868601/1‑150 (MQ=255) tgttgGGTTACGTTATCCCCTTATCCAGTGCGGCAATCAATGCGGTGAGTATTCCAGACTATTTCGCCTGGGGCGGGATTGCACTGGTGATTCAGTTACTCGTTTTTGCTGGTGTCAGACTTTATATGCCCGCATTAAGCGAAAAAatta > 2:673229/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |