| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,442,839 | C→A | 14.0% | A151E (GCG→GAG) | ytfT → | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,442,839 | 0 | C | A | 14.0% | 901.9 / 85.7 | 271 | A151E (GCG→GAG) | ytfT | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/111); new base A (18/20); total (140/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGC > CP009273/4442690‑4442988 | gTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTTGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCAGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcg < 1:137495/150‑1 (MQ=255) gggATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACt < 2:1001961/150‑1 (MQ=255) ggATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTg > 1:807777/1‑150 (MQ=255) ttCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATc < 2:3878494/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCAccgc > 1:851347/1‑150 (MQ=255) tGCCGATTGTTTTGTTTTGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGAGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCAccgccg < 1:2382287/150‑1 (MQ=255) tGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCAccgccg < 1:2382394/150‑1 (MQ=255) ccGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCggg > 1:3375612/1‑150 (MQ=255) gATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCa < 2:1437776/150‑1 (MQ=255) aTTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAg < 2:4558299/150‑1 (MQ=255) aTTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAg > 1:4174977/1‑150 (MQ=255) ttgttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGa > 1:3324568/1‑150 (MQ=255) tgttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGAt < 2:426813/150‑1 (MQ=255) tgttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGAt < 2:2548091/150‑1 (MQ=255) tgttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGAt > 1:546044/1‑150 (MQ=255) gttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATc < 2:3644282/150‑1 (MQ=255) ttttgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACAGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCg > 2:3995027/1‑150 (MQ=255) tgttAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCa < 1:42319/150‑1 (MQ=255) 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gggCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGcc > 1:3513857/1‑150 (MQ=255) ggCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCg < 2:3759075/150‑1 (MQ=255) gCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCgg < 1:3190166/150‑1 (MQ=255) cACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGa < 2:1795847/150‑1 (MQ=255) cACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGa < 2:3841364/150‑1 (MQ=255) 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ctGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATc < 2:2816419/150‑1 (MQ=255) gATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCt > 2:749626/1‑150 (MQ=255) aTCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTg > 1:3275646/1‑150 (MQ=255) ccTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGtt < 2:4336964/150‑1 (MQ=255) ccTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATAATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGtt > 2:118728/1‑150 (MQ=255) tGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCt < 2:957254/150‑1 (MQ=255) gATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTg > 1:3557839/1‑150 (MQ=255) tGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGc < 2:4070147/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGtt > 2:700841/1‑150 (MQ=255) cGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGtt < 1:1373374/150‑1 (MQ=255) gggCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGAcc < 1:4555149/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCAAGTTTAACTAGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCg < 1:1033954/150‑1 (MQ=255) cgTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc < 2:2073894/150‑1 (MQ=255) cgTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc < 1:1302840/150‑1 (MQ=255) cgTGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 2:2388131/1‑150 (MQ=255) tGGAGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACgg > 2:1722855/1‑150 (MQ=255) gcgcAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGgcg < 2:1569789/150‑1 (MQ=255) | GGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGC > CP009273/4442690‑4442988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |