| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,474,726 | A→T | 6.7% | V348E (GTG→GAG) | pepA ← | multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,474,726 | 0 | A | T | 6.7% | 889.6 / 41.5 | 269 | V348E (GTG→GAG) | pepA | multifunctional aminopeptidase A: a cyteinylglycinase, transcription regulator and site‑specific recombination factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (125/126); new base T (14/4); total (139/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CGCCATCAGACCAGTAATATGATGACCCAGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTCGCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGCACTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT > CP009273/4474578‑4474875 | gCCATCAGACCAGTAATATGATGACCCAGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTCGCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGCACt > 2:164256/1‑150 (MQ=255) cATCAGACCAGTAATATGATGACCCAGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTCGCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGCACTTc > 1:2432559/1‑150 (MQ=255) cAGACCAGTAATATGATGACCCAGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTCGCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGCACTTCAAc < 1:3682992/150‑1 (MQ=255) 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tCAGCGTCGGTGTTCAGCTCTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGc > 2:1524163/1‑150 (MQ=255) cGTCGGTGTTCAGCACTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGTTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCa > 2:970813/1‑150 (MQ=255) cGTCGGTGTTCAGCACTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCa > 1:1650321/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGTTCAGCACTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCAc > 2:3211296/1‑150 (MQ=255) ggTGTTCAGCACTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGcc < 1:3769727/150‑1 (MQ=255) 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aCTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCt < 1:2568165/150‑1 (MQ=255) aCTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCt < 1:2907736/150‑1 (MQ=255) | CGCCATCAGACCAGTAATATGATGACCCAGCGCGATCACGCAGGCACCGGTCAGCGTCGCCACGTCAATCACCGCTTCCGGCTCAAAACGCTCAACGTAAGTTAACACGTCGCACAGTACCAGGCGGCCTTCAGCGTCGGTGTTCAGCACTTCAACGGTTTGACCGGACATGGTGGTTAACACATCGCCCGGACGATAGGCTCGTCCGCCAGGCATGTTTTCGCAGCCTGCCAACACGCCGATAACGTTAATCGGCAGTTGTAGCTCCGCGACCATCCGCATCACGCCGTAAACCGCT > CP009273/4474578‑4474875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |