Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,523,001 | T→A | 87.4% | intergenic (‑1/+55) | yjhP ← / ← yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,523,001 | 0 | T | A | 87.4% | 829.7 / 90.0 | 278 | intergenic (‑1/+55) | yjhP/yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/20); new base A (104/138); total (120/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CTCGCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATTATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCACCGGATGTGGCCGGTCAGGGTCATGGGCTGAGCGGTGAGTGATTGCATCATCCAGC > CP009273/4522854‑4523147 | ctcGCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCataat > 2:3334496/1‑150 (MQ=255) tcGCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCataatt < 2:2083053/150‑1 (MQ=255) cGCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAAttt < 1:4554122/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |