| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,535,507 | C→A | 46.7% | R199R (CGG→AGG) | fimD → | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,535,507 | 0 | C | A | 46.7% | 189.0 / inf | 256 | R199R (CGG→AGG) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (86/50); new base A (55/65); total (141/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATAC > CP009273/4535359‑4535655 | ggATGTTGGTCAGCAGCGTCTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGGGTACAGACTCg > 2:2689693/1‑150 (MQ=255) aTGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGa < 1:1684545/150‑1 (MQ=255) tGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATAGGAt < 2:825536/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |