| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,562,043 | C→A | 100% | intergenic (+311/‑188) | yjiS → / → yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,562,043 | 0 | C | A | 98.0% | 855.2 / 4.2 | 249 | intergenic (+311/‑188) | yjiS/yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base A (120/124); total (125/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATCAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAATGTT > CP009273/4561896‑4562187 | ttACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCACATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAg < 2:2104274/150‑1 (MQ=255) ttGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGa < 1:2987973/150‑1 (MQ=255) tgtgTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGAt < 1:2681493/150‑1 (MQ=255) 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gactgactTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTtg > 1:3825744/1‑150 (MQ=255) tgactTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGa > 1:1645647/1‑150 (MQ=255) tgactTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGa < 2:430832/150‑1 (MQ=255) actTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGAtt < 1:1861073/150‑1 (MQ=255) ttACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAAt > 1:4230507/1‑150 (MQ=255) 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taAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAAtgt > 1:2874717/1‑150 (MQ=255) taAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAAtgt > 2:1872757/1‑150 (MQ=255) | TTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATCAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAATGTT > CP009273/4561896‑4562187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |