| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,564,939 | G→T | 14.1% | pseudogene (1204/2937 nt) | yjiV → | pseudogene; conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,564,939 | 0 | G | T | 14.1% | 822.4 / 74.5 | 246 | pseudogene (1204/2937 nt) | yjiV | pseudogene; conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/101); new base T (24/11); total (134/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.82e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
AAGCCGCGACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGAAACACAGGGGCTGGTTCAGGTTGGTTACCAGGGGCTGGAGAAAATACATAAGAGCCCCTTGCACTGGCAGGAAAAAGGATTAACGCTGGATGAC > CP009273/4564790‑4565088 | aaGCCGCGACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTg > 2:3772584/1‑150 (MQ=255) gCCGCGACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCCTTCTGaa < 2:3437245/150‑1 (MQ=255) cgACTATCCTGGTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAAtgt < 1:885283/150‑1 (MQ=255) 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gTATCCCGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCgg < 2:1471802/150‑1 (MQ=255) cccGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAAt > 2:4422207/1‑150 (MQ=255) cGAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTc < 2:2708172/150‑1 (MQ=255) gAACCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAATCGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCa > 2:2376742/1‑150 (MQ=255) aaCCTGGACGGAGATGGTTAACGAGCTTAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCAt > 1:3419672/1‑150 (MQ=255) 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tAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTTAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCt < 1:2257993/150‑1 (MQ=255) tAAAGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCt < 1:73087/150‑1 (MQ=255) aaaGAGAGAGCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTTAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTg < 2:3864986/150‑1 (MQ=255) agagagagCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGTTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGa > 2:84838/1‑150 (MQ=255) agagagagCCGATATCCGCGGGCCGGTTCTGCAATATAACCATTATCTTAAGCCTGAAGTGTTTAATGAAAACGGCGGCCCCCTTAAGCTTTCTGAAATGTTGTTGGTCCGGGAATTCATGCGTCGCCCTAAACGGACTAACAGCCTGGa > 1:3004850/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |