| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,567,114 | G→A | 13.8% | S221F (TCT→TTT) | mcrC ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,567,114 | 0 | G | A | 13.8% | 681.2 / 77.1 | 231 | S221F (TCT→TTT) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/92); new base A (13/19); total (120/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTAAGTGACTGATCCGATATACTCGATGCATCCCATTTTAAATAAGAGCGGGTTGTGTTTGCAGACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATG > CP009273/4566966‑4567263 | tCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTAAGTGACTGATCCGATATACTCGATGCATCCCATTTTAAATAaga < 1:588433/150‑1 (MQ=255)tCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTAAGTGACTGATCCGATATACTCGATGCATCCCATTTTAAATAaga < 1:2946422/150‑1 (MQ=255)tCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTCAACGATAAGTATTTTTTCTGATGAGCGAATGGTGATGTCAGTTTCCATTCGAGGTAACAAATTAAGTGACTGATCCGATATACTCGATGCATCCCATTTTAAATAaga < 2:2851153/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |