| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,567,552 | C→A | 14.7% | R75L (CGA→CTA) | mcrC ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,567,552 | 0 | C | A | 14.7% | 873.1 / 89.4 | 266 | R75L (CGA→CTA) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/116); new base A (21/18); total (132/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
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tATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTg < 1:1708348/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCt > 1:1325577/1‑150 (MQ=255) | TGAATTTAACTTTTCATGCTTAATTAATATGGCTAATGTGCTTTTTATAATTCGGTTAGCCAGCGTGTCTTCATTAAGCATATCAAAAGTACTGACGGTTTTCCCATGATTAAGATGGAAGCCGCGTATTGTTTTAGCAAACTCTATTCGCCCTTTGATGCCAGGAATGATCTCGGTGTTAGGATTGTAATCAAGCTCAAGCCCTCGGCGTGAAAGCTGTAAAACCCCTTTATTTAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTA > CP009273/4567404‑4567701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |