Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,602,307 | T→A | 46.9% | L27Q (CTG→CAG) | yjjU → | putative patatin‑like family phospholipase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,602,307 | 0 | T | A | 46.9% | 54.4 / inf | 247 | L27Q (CTG→CAG) | yjjU | putative patatin‑like family phospholipase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/66); new base A (59/57); total (124/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTGCAATCAGCCCGGTT > CP009273/4602159‑4602456 | ttGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTg < 2:3038636/150‑1 (MQ=255) cGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGgtg < 2:2157204/150‑1 (MQ=255) cGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCAGgtg < 1:2748606/150‑1 (MQ=255) 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aaGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACct > 1:1515741/1‑150 (MQ=255) ggCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACctct < 1:1783656/150‑1 (MQ=255) gCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCtctc > 2:584040/1‑150 (MQ=255) gCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCtctc < 2:4450792/150‑1 (MQ=255) ccGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCAGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTGTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCg < 2:3533819/150‑1 (MQ=255) cGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCAGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCgg > 2:1766253/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGttt > 2:2838590/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGACGAATAGCTCAGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGttt > 2:1236674/1‑150 (MQ=255) tGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTg > 1:4522888/1‑150 (MQ=255) tGGACGAATAGCTCAGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTg > 1:2530499/1‑150 (MQ=255) 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ctcaGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGTCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTGCAATCAGCCCg < 2:102102/150‑1 (MQ=255) ctGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTGCAATCAGCCCGGt < 2:67736/150‑1 (MQ=255) | TTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGGCACATCTGCCGGGGCGCAGAACCTCTCGGCGTTTATCTGCAATCAGCCCGGTT > CP009273/4602159‑4602456 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |