| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,604,139 | A→T | 5.4% | intergenic (+62/+358) | yjjV → / ← yjjW | putative DNase/putative pyruvate formate lyase activating enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,604,139 | 0 | A | T | 5.4% | 637.2 / 10.8 | 207 | intergenic (+62/+358) | yjjV/yjjW | putative DNase/putative pyruvate formate lyase activating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/108); new base T (8/4); total (94/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CGTGCTTTGCGAGTTGCGCCGGGAACCGGCGGATGAGATTGCGCAAGCGTTGCTTAATAACACGTATACGTTGTTTAACGTGCCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCCGAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGGATA > CP009273/4603990‑4604287 | cGTGCTTTGCGAGTTGCGCCGGGAACCGGCGGATGAGATTGCGCAAGCGTTGCTTAATAACACGTATACGTTGTTTAACGTGCCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTaa < 1:843629/150‑1 (MQ=255) gTGCTTTGCGAGTTGCGCCGGGAACCGGCGGATGAGATTGCGCAAGCGTTGCTTAATAACACGTATACGTTGTTTAACGTGCCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAAc < 2:1869457/150‑1 (MQ=255) tGCTTTGCGAGTTGCGCCGGGAACCGGCGGATGAGATTGCGCAAGCGTTGCTTAATAACACGTATACGTTGTTTAACGTGCCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAAcg < 2:3561776/150‑1 (MQ=255) 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tAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCCGAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTTtgt < 2:4478807/131‑1 (MQ=255) tAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCCGAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGGAt > 1:4478435/1‑150 (MQ=255) tAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCCGAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGGAt < 2:3274998/150‑1 (MQ=255) tAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCCGAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGGAt < 2:2670026/150‑1 (MQ=255) aaCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCCGAACAGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCTCACAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCTTAGGCCGGATa > 1:1204346/1‑150 (MQ=255) | CGTGCTTTGCGAGTTGCGCCGGGAACCGGCGGATGAGATTGCGCAAGCGTTGCTTAATAACACGTATACGTTGTTTAACGTGCCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCCGAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGGATA > CP009273/4603990‑4604287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |