Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 458,644 | C→A | 14.3% | P425Q (CCG→CAG) | ppiD → | periplasmic folding chaperone, has an inactive PPIase domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 458,644 | 0 | C | A | 14.3% | 895.7 / 86.4 | 270 | P425Q (CCG→CAG) | ppiD | periplasmic folding chaperone, has an inactive PPIase domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/123); new base A (16/23); total (124/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GAAACACGAAAAAGCCCTCGATGCGTACTACGCGCTGCAGCAGAAAGTGAGCGATGCGGCAAGCAACGACACCGAGTCTCTGGCCGGTGCAGAGCAAGCTGCCGGCGTTAAAGCCACTCAGACGGGTTGGTTCAGCAAAGATAACCTGCCGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATCTTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCATCAGCGAGCACAAACCGGAAG > CP009273/458495‑458793 | gAAACACGAAAAAGCCCTCGATGCGTACTACGCGCTGCAGCAGAAAGTGAGCGATGCGGCAAGCAACGACACCGAGTCTCTGGCCGGTGCAGAGCAAGCTGCCGGCGTTAAAGCCACTCAGACGGGTTGGTTCAGCAAAGATAACCTGcc > 2:2065041/1‑150 (MQ=255) gAAACACGAAAAAGCCCTCGATGCGTACTACGCGCTGCAGCAGAAAGTGAGCGATGCGGCAAGCAACGACACCGAGTCTCTGGCCGGTGCAGAGCAAGCTGCCGGCGTTAAAGCCACTCAGACGGGTTGGTTCAGCAAAGATAACCTGcc < 2:481814/150‑1 (MQ=255) aaaCACGAAAAAGCCCTCGATGCGTACTACGCGCTGCAGCAGAAAGTGAGCGATGCGGCAAGCAACGACACCGAGTCTCTGGCCGGTGCAGAGCAAGCTGCCGGCGTTAAAGCCACTCAGACGGGTTGGTTCAGCAAAGATAACCTGCCg > 2:3869927/1‑150 (MQ=255) 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ggttCAGCAAAGATAACCTGCCGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATCTTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCa > 2:1212836/1‑150 (MQ=255) tCAGCAAAGATAACCTGCCGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATCTTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCATCa < 1:1169519/150‑1 (MQ=255) tCAGCAAAGATAACCTGCAGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATCTTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCATCa < 1:2990222/150‑1 (MQ=255) gCAAAGATAACCTGCCGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATATTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCATCAGCg < 1:681700/150‑1 (MQ=255) cAAAGATAACCTGCCGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATCTTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCATCAGCGa < 1:942974/150‑1 (MQ=255) 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cGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATCTTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCATCAGCGAGCACAAACCGGAAg > 2:1704469/1‑150 (MQ=255) cGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATCTTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCATCAGCGAGCACAAACCGGAAg > 1:2641770/1‑150 (MQ=255) | GAAACACGAAAAAGCCCTCGATGCGTACTACGCGCTGCAGCAGAAAGTGAGCGATGCGGCAAGCAACGACACCGAGTCTCTGGCCGGTGCAGAGCAAGCTGCCGGCGTTAAAGCCACTCAGACGGGTTGGTTCAGCAAAGATAACCTGCCGGAAGAGTTGAACTTCAAGCCGGTTGCCGACGCTATCTTTAACGGCGGTCTGGTAGGTGAAAACGGCGCGCCGGGCATCAACTCTGACATCATCACCGTAGACGGCGACCGCGCATTCGTGCTGCGCATCAGCGAGCACAAACCGGAAG > CP009273/458495‑458793 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |