Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 500,178 | G→T | 45.3% | intergenic (‑26/‑192) | fsr ← / → ushA | putative fosmidomycin efflux system protein/bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 500,178 | 0 | G | T | 45.3% | 188.2 / 297.2 | 231 | intergenic (‑26/‑192) | fsr/ushA | putative fosmidomycin efflux system protein/bifunctional UDP‑sugar hydrolase/5'‑nucleotidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/68); new base T (62/43); total (120/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
ATTGGATCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGTCGCGTC > CP009273/500029‑500326 | aTTGGATCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCg < 1:1370937/150‑1 (MQ=255) ggATCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATg < 2:3532207/150‑1 (MQ=255) gATCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGt < 1:523699/150‑1 (MQ=255) aTCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTa > 2:3007129/1‑150 (MQ=255) aTCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTa > 2:1054137/1‑150 (MQ=255) aTCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTa < 2:4599739/150‑1 (MQ=255) aTCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTa < 1:714765/150‑1 (MQ=255) gTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGaa > 1:3968459/1‑150 (MQ=255) cGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAACATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATg < 2:2347731/150‑1 (MQ=255) agcagATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGTCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCtt > 2:4088976/1‑150 (MQ=255) agcagATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCtt > 2:2546719/1‑150 (MQ=255) gATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTAttt < 2:4511678/150‑1 (MQ=255) aTGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAACGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTtg < 1:3331028/150‑1 (MQ=255) tgAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGa < 1:1092598/150‑1 (MQ=255) gagaGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGat > 2:531121/1‑150 (MQ=255) agagGTTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGatt > 1:3060062/1‑150 (MQ=255) agagGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGatt < 1:1439042/150‑1 (MQ=255) gagGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGatta < 2:1166433/150‑1 (MQ=255) gagGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGatta < 1:3987298/150‑1 (MQ=255) gagGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGatta < 1:1031181/150‑1 (MQ=255) agGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGattat < 2:42895/150‑1 (MQ=255) ggCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGattatt > 2:2069253/1‑150 (MQ=255) cACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTa < 2:3212312/150‑1 (MQ=255) cACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTa > 1:198041/1‑150 (MQ=255) aCCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGTTCTTATTTGTGATTATTACCAGACTaa < 2:908353/150‑1 (MQ=255) aCCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTaa > 2:4440548/1‑150 (MQ=255) cTAAAATACCAAACGATCTTCGGGACTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTCTGGTTGTTCACTCAATGCAAAAGGAAAGTCACATATTCAGGGTTGCGATGAAAATAATGATCTTATTTGTGATTAATACCAGACTATCa > 2:3107395/1‑150 (MQ=255) aaaaTACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATa < 2:1921460/150‑1 (MQ=255) aaTACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATAcc > 1:2411149/1‑150 (MQ=255) aaTACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATAcc < 2:3759488/150‑1 (MQ=255) aaTACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATAcc < 1:2351771/150‑1 (MQ=255) aaaCGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATg > 2:513918/1‑150 (MQ=255) aaCGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGc > 2:240212/1‑150 (MQ=255) aaCGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGc > 2:217692/1‑150 (MQ=255) cGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGcgt > 1:1004193/1‑150 (MQ=255) cGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGcgt < 2:2598695/150‑1 (MQ=255) gATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGcgtc > 2:1264056/1‑150 (MQ=255) gATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGcgtc < 1:4408202/150‑1 (MQ=255) cGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTga < 2:2737392/150‑1 (MQ=255) gggCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTgaa > 2:682518/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTgaag > 2:3415164/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTgaaggaa > 1:1276160/1‑150 (MQ=255) gTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGtct < 1:2735882/150‑1 (MQ=255) ttGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAAc < 2:4631836/150‑1 (MQ=255) tGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACg < 1:1950329/150‑1 (MQ=255) cGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCg < 2:2764100/150‑1 (MQ=255) cAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGaa > 1:3291820/1‑150 (MQ=255) aGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAAt > 2:1279811/1‑150 (MQ=255) aGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAAt < 2:3129804/150‑1 (MQ=255) aGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGACGAAt < 1:3157863/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATAc > 1:4531111/1‑150 (MQ=255) cgcgCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACa < 1:745365/150‑1 (MQ=255) gcgcCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAg < 2:2207212/150‑1 (MQ=255) cgcccgccACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGa < 2:2893392/150‑1 (MQ=255) cccgccACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACACACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAAt > 1:128362/1‑150 (MQ=255) cccgccACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAAt < 2:4480528/150‑1 (MQ=255) cgccACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAAttt > 1:3792542/1‑150 (MQ=255) gccACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTc > 1:1722632/1‑150 (MQ=255) gccACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTc > 1:1722979/1‑150 (MQ=255) ccACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCt > 1:1982388/1‑150 (MQ=255) acaGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTaa > 1:2134122/1‑150 (MQ=255) ggTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGc < 2:1598184/150‑1 (MQ=255) ggTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGc > 2:13759/1‑150 (MQ=255) gttgttCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCa < 2:3968464/150‑1 (MQ=255) gttgttCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCa < 1:2216486/150‑1 (MQ=255) gttCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGAt > 2:1454584/1‑150 (MQ=255) aCTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTAt > 1:3217749/1‑150 (MQ=255) aCTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTAt > 1:1259027/1‑150 (MQ=255) aCTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTAt > 1:899593/1‑150 (MQ=255) cTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATc > 2:4042026/1‑150 (MQ=255) tCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCt < 1:320654/150‑1 (MQ=255) cATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCtt > 1:2961697/1‑150 (MQ=255) cATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCtt < 2:2563214/150‑1 (MQ=255) cATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCtt < 2:2740658/150‑1 (MQ=255) ccATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCg > 1:4470213/1‑150 (MQ=255) ccATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCg < 1:2007605/150‑1 (MQ=255) cATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCgg > 1:4230367/1‑150 (MQ=255) aTAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGa < 1:2695465/150‑1 (MQ=255) tAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGAc > 2:3901411/1‑150 (MQ=255) aGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACg < 1:2883516/150‑1 (MQ=255) aGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACg > 1:1774989/1‑150 (MQ=255) aGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACg < 1:3584610/150‑1 (MQ=255) aGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACg > 1:4370691/1‑150 (MQ=255) aaaGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAg < 1:3941201/150‑1 (MQ=255) aaaGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAg > 2:603327/1‑150 (MQ=255) aaGTCACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGa > 1:3466338/1‑150 (MQ=255) tCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACtt < 1:154003/150‑1 (MQ=255) tCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACtt < 1:151606/150‑1 (MQ=255) cACTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTg > 1:672190/1‑150 (MQ=255) aCTTTTTCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGt < 2:1646443/150‑1 (MQ=255) ttttCAGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTa > 1:2832099/1‑150 (MQ=255) cAGGGTTGCTATGTAAAGAATTATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTatgat < 1:547876/150‑1 (MQ=255) aGGGTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTatgatg < 2:1572215/150‑1 (MQ=255) gggTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGt > 2:4364246/1‑150 (MQ=255) gggTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGt < 2:1808290/150‑1 (MQ=255) gggTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGt < 1:3560996/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGTc > 1:231363/1‑150 (MQ=255) ggTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGTc < 1:2780043/150‑1 (MQ=255) gTTGCTATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGTcg > 2:3479314/1‑150 (MQ=255) cGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGTCGCGTc > 1:350815/1‑150 (MQ=255) | ATTGGATCATGTCGTTCAGCAGATGTGAGAGGCTGATAGCACCTAAAATACCAAACGATGTTCGGGCCTTGGTCGTTGACGCAGCCGCGCCCGCCACAGGCTGGGGTTGTTCACTCATTGCCATAGGAAAGTCACTTTTTCAGGGTTGCGATGTAAAGAATGATCTTATTTGTGATTATTACCAGACTAACATACCTGTATGCGTCGTCTGAAGGAAGTCTCAACGCCGAATACAGAATTTCTAATCTGGATGCAGATTTATCTTCACCGGACGCAGACTTGTCTATGATGTCGCGTC > CP009273/500029‑500326 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |