Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 625,364 | G→T | 94.9% | G5G (GGG→GGT) | cstA → | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 625,364 | 0 | G | T | 94.9% | 806.3 / 31.9 | 257 | G5G (GGG→GGT) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/7); new base T (135/107); total (142/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGGAAATACCTCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGT > CP009273/625217‑625512 | atctatttAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTaaa < 1:1126009/144‑1 (MQ=255) tCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTAAAt < 1:1519655/150‑1 (MQ=255) gTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTAAATACCt > 1:1165808/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |