Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 729,456 | G→A | 92.6% | R75R (AGG→AGA) | ybfB → | putative membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 729,456 | 0 | G | A | 92.6% | 877.9 / 43.8 | 271 | R75R (AGG→AGA) | ybfB | putative membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/10); new base A (119/132); total (129/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
ACTTTCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATA > CP009273/729309‑729604 | aCTTTCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAAt < 1:1620907/150‑1 (MQ=255) aCTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATag < 2:1478687/150‑1 (MQ=255) cTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATTTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTAGTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagt < 1:3698717/150‑1 (MQ=255) 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ttAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagtaag < 1:424855/150‑1 (MQ=255) tAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTCATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagtaagt > 1:2505359/1‑150 (MQ=255) gACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGtat > 2:4379667/1‑150 (MQ=255) cTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTatat < 1:1404221/150‑1 (MQ=255) cTCCAAACGTGATGGGAGCGATTTAATTAGTCACATGTCTTATGGCATTATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATACTATATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCATACATTATTGTCGTAAGGATTGATAGTAAGTatat > 2:3072026/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |