Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 816,292 | A→T | 5.4% | H15L (CAC→CTC) | ybhM → | UPF0005 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 816,292 | 0 | A | T | 5.4% | 875.8 / 29.9 | 266 | H15L (CAC→CTC) | ybhM | UPF0005 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (157/94); new base T (11/4); total (168/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
AGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGGATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATTCACCACCAATGTATGTCGCCATAGGGTTATTATTA > CP009273/816144‑816440 | aGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCAc < 1:2213699/150‑1 (MQ=255) gCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACg < 1:1007887/150‑1 (MQ=255) cGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGa > 1:4121055/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |