| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 862,017 | 0 | G | T | 11.5% | 904.6 / 56.3 | 253 | intergenic (‑197/‑7) | moeA/iaaA | molybdopterin molybdenumtransferase; molybdopterin biosynthesis protein/Isoaspartyl peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/94); new base T (19/12); total (147/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AAAACGCCACAGACTGTATGCCACCTCGGGCGTAGCGCTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATACTATGGGCAAAGCAGTCATTGCAATTCATGGTGGCGCAGGTGCAATTAGCCGCGCGCAGATGAGTCTGCAACAGGAATTACGCTACATCGAGGCGTTGTCTGCCATTGTTGAAACCGGGCAGAAAATGCTGGAAGCGGGCGAAAG > CP009273/861868‑862166 | aaaCGCCACAGACTGTATGCCACCTCGGGCGTAGCGCTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGa > 1:1245377/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCACAGACTGTATGCCACCTCGGGCGTAGCGCTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGa < 2:4626906/150‑1 (MQ=255) aaaCGCCACAGACTGTATGCCACCTCGGGCGTAGCGCTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGa > 2:3965300/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |