| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 920,396 | G→T | 6.4% | A559A (GCG→GCT) | clpA → | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 920,396 | 0 | G | T | 6.4% | 897.8 / 24.4 | 234 | A559A (GCG→GCT) | clpA | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (105/114); new base T (7/8); total (112/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTGGTGATGACCACCAACGCCGGGGT > CP009273/920247‑920545 | aaaGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCg < 2:1503860/150‑1 (MQ=255) gCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGtg < 1:3656260/150‑1 (MQ=255) cTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCTGtgc > 1:932467/1‑150 (MQ=255) ttGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGtgctg > 2:949788/1‑150 (MQ=255) gggCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCTGtgctgct < 2:4310882/150‑1 (MQ=255) gggCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATAAGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGtgctgct < 1:975024/150‑1 (MQ=255) ggCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGtgctgctg > 1:2558845/1‑150 (MQ=255) cATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCGTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTgctgctgct > 2:1484463/1‑150 (MQ=255) aTTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGctgctgctg > 1:2009745/1‑150 (MQ=255) ttGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTgg > 1:3956572/1‑150 (MQ=255) gAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGAc > 2:4442807/1‑150 (MQ=255) gAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGAc > 1:4256557/1‑150 (MQ=255) aGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCTGTGCTGCTGCTGGACg > 1:843546/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |