| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 943,573 | G→T | 100% | A297S (GCC→TCC) | ycaM → | putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 943,573 | 0 | G | T | 95.1% | 849.6 / 27.6 | 266 | A297S (GCC→TCC) | ycaM | putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/5); new base T (140/113); total (148/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTT > CP009273/943427‑943722 | tgtgCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCAtt < 1:995666/150‑1 (MQ=255) tgCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGc < 1:4634072/150‑1 (MQ=255) tgCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGc > 2:3492177/1‑150 (MQ=255) gCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCg > 1:918370/1‑150 (MQ=255) gCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCg > 2:141778/1‑150 (MQ=255) gCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCg < 2:1859108/150‑1 (MQ=255) ttCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATa < 1:1294622/150‑1 (MQ=255) cTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATAcc > 2:1936307/1‑150 (MQ=255) gggCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGTTGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCt < 1:2092695/150‑1 (MQ=255) gCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTgg < 1:2162370/150‑1 (MQ=255) cTCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTggg < 1:4348636/150‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGa > 2:840828/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGa > 1:1394031/1‑150 (MQ=255) cTGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACaa < 2:716574/150‑1 (MQ=255) tGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAg > 1:120653/1‑150 (MQ=255) tGGCGATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAg > 2:4410803/1‑150 (MQ=255) cGATGGGGATGATGTTTGATTCTCGTAATATCACGGATGACTAAATGACCAACGGTCAGTATAACGCCTATCAGAAGCTGGGCGAGAATTACAACATGCGTAATACTTTAATGGTGATTAACTCCAATCCTAATACACTGGGACAAGTAg > 1:2671318/1‑150 (MQ=255) gATGGGGATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAgc > 1:2582380/1‑150 (MQ=255) aTGGGGTTGATGTTTGTTTCTCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCATCGGTCAGTATTACTCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTTATGGTGATTTTCTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAgcg < 1:1969415/150‑1 (MQ=255) gggATGATGTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAgcggcg < 1:4389155/150‑1 (MQ=255) tgTTTGATTCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTAt > 1:2831044/1‑150 (MQ=255) gTTTGATTCGCGTAATCTCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGTTGCGTGGCGTGTATTACAACATGGGTTATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGATTTCCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTAtt < 1:3361790/150‑1 (MQ=255) ttCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGAt < 2:2292927/150‑1 (MQ=255) ttCGCGTAATATCCCGGATGACTGAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGAt < 2:2760799/150‑1 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGAtt > 2:303340/1‑150 (MQ=255) tCGCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGAtt > 2:869605/1‑150 (MQ=255) cgcgTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACCTGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTg < 2:2444383/150‑1 (MQ=255) tAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGc > 2:3029166/1‑150 (MQ=255) aaTATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGcc > 2:1356873/1‑150 (MQ=255) aaTATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGcc > 1:2967841/1‑150 (MQ=255) tatCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTTATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGcccc < 1:4193659/150‑1 (MQ=255) ccGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTCTTCTCGATTGATGCCCCGCtt > 2:3981439/1‑150 (MQ=255) ccGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCtt > 2:3661892/1‑150 (MQ=255) ggATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTaa < 2:349931/150‑1 (MQ=255) gATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTaaa < 1:430717/150‑1 (MQ=255) aTGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAg < 2:1069361/150‑1 (MQ=255) aTGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAg < 2:1038912/150‑1 (MQ=255) aTGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGAGGCCCCGCTTAAAg < 2:3530035/150‑1 (MQ=255) gACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTg > 2:2394157/1‑150 (MQ=255) aCTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGc > 2:3718004/1‑150 (MQ=255) aCTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGc > 1:3810145/1‑150 (MQ=255) cTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCt > 1:3500198/1‑150 (MQ=255) aaTGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTAtt > 2:3795918/1‑150 (MQ=255) 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aCGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAat < 2:2194176/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAata < 1:2338823/150‑1 (MQ=255) gCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAatat > 1:145938/1‑150 (MQ=255) cTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAatatat > 2:1700700/1‑150 (MQ=255) cTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAatatat < 1:2310684/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGt > 2:3012925/1‑150 (MQ=255) gggCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGttt < 2:1946757/150‑1 (MQ=255) cGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATg > 1:4337481/1‑150 (MQ=255) aGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTc > 1:3670926/1‑150 (MQ=255) aGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTc > 2:2111440/1‑150 (MQ=255) aTTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTa > 1:966312/1‑150 (MQ=255) aTTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTa > 1:3863708/1‑150 (MQ=255) tACAACATGGGTAATACTTTTTTGGTGATTTACTCGATTGAGAATTCCCTTTTACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTAGATTGATTCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAATTATATTCAAGCCAGTTTATTTCGTaac < 2:2174891/150‑3 (MQ=255) tACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTAcc > 2:1723659/1‑150 (MQ=255) acaacaTGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCa > 1:1543646/1‑150 (MQ=255) acaacaTGGGTAATACTATAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCa < 2:4159624/150‑1 (MQ=255) caacaTGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCaa > 1:1125927/1‑150 (MQ=255) caacaTGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCaa > 1:3222256/1‑150 (MQ=255) aacaTGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAAc < 2:3564747/150‑1 (MQ=255) acaTGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACTCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACg > 1:3826782/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |