| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 997,965 | G→T | 92.1% | D235Y (GAT→TAT) | elfG → | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 997,965 | 0 | G | T | 92.1% | 750.6 / 51.7 | 257 | D235Y (GAT→TAT) | elfG | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/8); new base T (124/112); total (137/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
CGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGC > CP009273/997816‑998111 | cgATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTTAt < 2:2642382/150‑1 (MQ=255) cgATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGAt > 2:4347202/1‑150 (MQ=255) cgATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGAACACCGGATTTAGTGTATTACCTGTCTGGAAAGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAAATGAAGTTGATTTAGGTTAt > 1:2396606/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |