| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 86,729 | G→T | 15.3% | R50L (CGT→CTT) | rsmH → | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 86,729 | 0 | G | T | 15.3% | 887.3 / 92.6 | 275 | R50L (CGT→CTT) | rsmH | 16S rRNA m(4)C1402 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (127/105); new base T (17/26); total (144/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
AATGATGGAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCC > CP009273/86580‑86878 | tgatgGAAAACTATAAACACACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGtt < 2:3890820/150‑1 (MQ=255) atgGAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTg < 1:3435872/150‑1 (MQ=255) tgGAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGc > 2:1693076/1‑150 (MQ=255) ggAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGCt > 1:360086/1‑150 (MQ=255) gAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTg > 1:90146/1‑150 (MQ=255) gAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTg > 2:3425678/1‑150 (MQ=255) aaaaCTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTgg < 2:222654/150‑1 (MQ=255) aaaaCTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTgg < 2:150879/150‑1 (MQ=255) aaaaCTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTgg < 1:1514143/150‑1 (MQ=255) aaCTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcg < 2:764714/150‑1 (MQ=255) aCTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcga > 2:927082/1‑150 (MQ=255) tataAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatc > 1:3117767/1‑150 (MQ=255) tataAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatc < 1:4214625/150‑1 (MQ=255) tataAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGACCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatc > 1:1843659/1‑150 (MQ=255) taAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCTTTTGCTGGcgatcga < 1:3689939/150‑1 (MQ=255) aaaCATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatcgat > 2:4121820/1‑150 (MQ=255) aaaCATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatcgat > 1:4124384/1‑150 (MQ=255) aaaCATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGcgatcgat < 1:691693/150‑1 (MQ=255) 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cGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCg > 1:3699072/1‑150 (MQ=255) ttGGCGAAGAGGGGCTTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGa < 1:2076707/150‑1 (MQ=255) ttGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGa < 2:318684/150‑1 (MQ=255) tGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCGTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGAt < 1:867769/150‑1 (MQ=255) ggCGAAGAGGGGCTTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATc < 1:3279143/150‑1 (MQ=255) 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gagGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCGTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGc < 2:261021/150‑1 (MQ=255) gTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTctcc > 2:848889/1‑150 (MQ=255) | AATGATGGAAAACTATAAACATACTACGGTGCTGCTGGATGAAGCCGTTAATGGCCTCAATATCCGTCCTGATGGCATCTACATTGATGGGACTTTTGGTCGCGGTGGTCACTCACGTCTGATCCTCTCGCAGCTTGGCGAAGAGGGGCGTTTGCTGGCGATCGATCGCGACCCGCAGGCTATCGCCGTTGCGAAGACTATTGATGATCCGCGCTTCTCCATCATCCACGGACCTTTCTCCGCGCTGGGCGAATACGTTGCCGAGCGCGATCTTATCGGCAAGATCGACGGCATTCTCC > CP009273/86580‑86878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |