| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,068,091 | G→T | 44.0% | Q77K (CAG→AAG) | rutB ← | ureidoacrylate amidohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,068,091 | 0 | G | T | 44.0% | 258.3 / inf | 265 | Q77K (CAG→AAG) | rutB | ureidoacrylate amidohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/91); new base T (58/58); total (116/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
AGGCTGCGGCACCAGTTCATCCACCAGTTGATAATCCCAGGAGCCTTTCGCCAGCAATTTCCCCTGCAGCTGCGGCTGCTTACGCATGGTTTTCAGGGCGTTCGATTTATGAAAATTCGGTGAGCCGGGTCCGCCAGCCTCGACATACTGTTCATCCCAGCCATTTTGAAACCAGATGATCAGCATCCCTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGT > CP009273/1067942‑1068240 | aGGCTGCGGCACCAGTTCATCCACCCGTTGATAATCCCAGGAGCCTTTCGCCAGCACTATCCCCTGCAGCTGCGGCTGCTTACGCATGGTTTTCAGGGCGTTCGATTTATGTAAATGCGGTGAGCCGGGTCCGCCAGCCTCGACATACTg > 1:4331677/1‑150 (MQ=255) gCTGCGGCACCAGTTCATCCACCAGTTGATAATCCCAGGAGCCTTTCGCCAGCAATTTCCCCTGCAGCTGCGGCTGCTTACGCATGGTTTTCAGGGCGTTCGATTTATGAAAATTCGGTGAGCCGGGTCCGCCAGCCTCGACATACtttt < 1:2522146/150‑1 (MQ=255) gCTGCGGCACCAGTTCATCCACCAGTTGATAATCCCAGGAGCCTTTCGCCAGCAATTTCCCCTGCAGCTGCGGCTGCTTACGCATGGTTTTCAGGGCGTTCGATTTATGAAAATTCGGTGAGCCGGGTCCGCCAGCCTCGACATACtttt > 1:1612270/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |