Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,087,360 | G→T | 47.8% | P129Q (CCG→CAG) | pgaA ← | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,087,360 | 0 | G | T | 47.8% | 152.6 / inf | 244 | P129Q (CCG→CAG) | pgaA | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/53); new base T (57/60); total (131/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTT > CP009273/1087211‑1087507 | cGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCgg > 2:2395355/1‑150 (MQ=255) aGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCagagaga > 1:2182060/1‑150 (MQ=255) gATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCagagagag > 2:4281048/1‑150 (MQ=255) atatAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAgc < 1:1031550/150‑1 (MQ=255) tctaGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAgcg < 2:3268071/148‑1 (MQ=255) tataGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAgcg < 1:1152833/150‑1 (MQ=255) ataGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAgcgc < 1:2858258/150‑1 (MQ=255) ataGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAgcgc > 1:2924363/1‑150 (MQ=255) 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tGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGta > 1:2820144/1‑150 (MQ=255) aTAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaat < 2:4634000/150‑1 (MQ=255) tAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaata > 2:1025935/1‑150 (MQ=255) aaTCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaataa < 1:4629520/150‑1 (MQ=255) aTCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAAc > 2:2506619/1‑150 (MQ=255) 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ttGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATc > 2:104783/1‑150 (MQ=255) tgctgcTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCt < 1:2710337/150‑1 (MQ=255) | CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTT > CP009273/1087211‑1087507 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |