Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,088,734 | G→T | 5.6% | V135F (GTT→TTT) | ycdT → | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,088,734 | 0 | G | T | 5.6% | 1077.1 / 23.1 | 282 | V135F (GTT→TTT) | ycdT | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (133/132); new base T (8/9); total (141/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TGATTTACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGGGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAAT > CP009273/1088585‑1088883 | tGATTTACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAg > 1:914313/1‑150 (MQ=255) tGATTTACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAg > 1:417446/1‑150 (MQ=255) tGATTTACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAg < 1:3821004/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |