| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,099,378 | A→C | 14.0% | intergenic (‑726/‑29) | csgD ← / → csgB | csgBAC operon transcriptional regulator/curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,099,378 | 0 | A | C | 14.0% | 529.8 / 93.7 | 220 | intergenic (‑726/‑29) | csgD/csgB | csgBAC operon transcriptional regulator/curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/107); new base C (20/11); total (102/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |