| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,105,607 | G→T | 31.7% | D273Y (GAC→TAC) | opgG → | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,105,607 | 0 | G | T | 31.7% | 532.8 / 231.5 | 274 | D273Y (GAC→TAC) | opgG | osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/85); new base T (52/35); total (154/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGGTCTGTTGCAGCGCGGTCGTGATTTCTCCCGCTTT > CP009273/1105460‑1105756 | ccAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGAc < 1:3145459/150‑1 (MQ=255) cAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCactact < 2:1827625/150‑1 (MQ=255) cAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGAct > 1:3369933/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |