Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 1,225,922 | C→T | 13.4% | intergenic (‑72/‑301) | hlyE ← / → umuD | hemolysin E/DNA polymerase V, subunit D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,225,922 | 0 | C | T | 13.4% | 735.0 / 78.8 | 246 | intergenic (‑72/‑301) | hlyE/umuD | hemolysin E/DNA polymerase V, subunit D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (95/118); new base T (15/18); total (110/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
AAGATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCG > CP009273/1225773‑1226071 | aaGATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTc > 1:729763/1‑150 (MQ=255) aaGATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTc > 2:2778675/1‑150 (MQ=255) aaGATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTc < 2:1037740/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |