| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,246,435 | T→A | 16.5% | intergenic (‑141/‑87) | dhaK ← / → dhaR | dihydroxyacetone kinase, PTS‑dependent, dihydroxyacetone‑binding subunit/dhaKLM operon transcription activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,246,435 | 0 | T | A | 16.5% | 520.1 / 88.1 | 192 | intergenic (‑141/‑87) | dhaK/dhaR | dihydroxyacetone kinase, PTS‑dependent, dihydroxyacetone‑binding subunit/dhaKLM operon transcription activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/71); new base A (18/14); total (107/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAG > CP009273/1246286‑1246584 | ttCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTaatg < 1:1721920/150‑1 (MQ=255) attattTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTaatgaat < 2:373035/150‑1 (MQ=255) attattTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTaatgaat < 2:884174/150‑1 (MQ=255) 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tCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGTAAATGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATTCTTTAATGAATGTTCCATAtt > 2:17800/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATAtt < 2:1220957/150‑1 (MQ=255) tCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTAAATGAATGTTCCATAtt < 1:4395163/150‑1 (MQ=255) tCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTAAATGAATGTTCCATAtt < 1:3337592/150‑1 (MQ=255) cAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCAACGACACGGCGACCACTGACTGCCGATGAATCCATTGTGCATCAGGCAAGGGAAAAGAAAATTAGCCCAAATTATGTTTCATAGTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAAc > 1:4268525/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |