Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 103,467 | G→T | 100% | D142Y (GAT→TAT) | lpxC → | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 103,467 | 0 | G | T | 95.7% | 749.1 / 21.9 | 235 | D142Y (GAT→TAT) | lpxC | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/6); new base T (110/115); total (114/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCGATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTGGATTTCACCATCGATTTTAACCATCCGGCTATTGATTCCAGCAACCAGCGCTATGCGATGAACTTCTCCGCTGATGCGTTTATGCGCCAGATCAGCCGTGCGCGT > CP009273/103320‑103613 | gTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTAt > 2:2248751/1‑150 (MQ=255) gTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTAt > 1:4099376/1‑150 (MQ=255) ttATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCtata > 1:3307681/1‑150 (MQ=255) tCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGt < 1:1502607/150‑1 (MQ=255) tCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGt > 1:3473679/1‑150 (MQ=255) tCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGt < 2:3122224/150‑1 (MQ=255) cGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGATGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTg < 1:1220913/150‑1 (MQ=255) gAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTgg < 2:2293167/150‑1 (MQ=255) gAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTgg < 1:744845/150‑1 (MQ=255) aaGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTggg < 1:4586251/150‑1 (MQ=255) aaGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTggg > 2:2205754/1‑150 (MQ=255) aaGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTggg > 2:4048913/1‑150 (MQ=255) aaGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTggg > 2:3624664/1‑150 (MQ=255) aGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGc > 1:1949938/1‑150 (MQ=255) aGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGc > 2:3442227/1‑150 (MQ=255) gTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCt < 2:2022405/150‑1 (MQ=255) aCGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAAt < 1:103284/150‑1 (MQ=255) aCGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCGATAAGTGGGCTGAAt < 1:1251824/150‑1 (MQ=255) 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ggAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTAACGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACGGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGTGCTGAATTTAAGcc > 1:4602989/1‑150 (MQ=255) gAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCg < 1:2134109/150‑1 (MQ=255) aaTCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTa > 1:1036036/1‑150 (MQ=255) aaTCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTa < 1:2728411/150‑1 (MQ=255) aaTCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTa < 2:3820549/150‑1 (MQ=255) tCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACa > 1:945329/1‑150 (MQ=255) ccGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAAt < 2:2418871/150‑1 (MQ=255) ccGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAAt < 1:1143967/150‑1 (MQ=255) aTCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGt > 1:3588586/1‑150 (MQ=255) tCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGtt < 2:1148952/150‑1 (MQ=255) cATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGttt < 2:1941660/150‑1 (MQ=255) aTGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGtttt > 1:2561707/1‑150 (MQ=255) aTGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGtttt > 1:2067029/1‑150 (MQ=255) aTGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGtttt > 1:4232888/1‑150 (MQ=255) aCGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGc < 1:3747210/150‑1 (MQ=255) 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ccgcTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTGGATTTCa < 2:1356521/150‑1 (MQ=255) gcTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTGGATTTCAcc < 2:746136/150‑1 (MQ=255) cTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTGGATTTCACCa > 1:86073/1‑150 (MQ=255) gTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTGGATTTCACCATCGa > 1:1288803/1‑150 (MQ=255) gTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTGGATTTCACCATCGa > 1:852262/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |