| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,489,197 | C→T | 15.1% | K44K (AAG→AAA) | ydcI ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,489,197 | 0 | C | T | 15.1% | 870.0 / 114.9 | 305 | K44K (AAG→AAA) | ydcI | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/146); new base T (31/15); total (144/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.69e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
CGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTA‑TTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAAC > CP009273/1489048‑1489344 | gATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCt > 1:4505597/1‑150 (MQ=255) aTGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGtttt < 2:1080894/150‑1 (MQ=255) aTGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGtttt > 1:1380198/1‑150 (MQ=255) aTGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCtt > 1:2479649/1‑150 (MQ=255) aGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTagag > 1:950542/1‑150 (MQ=255) aGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTagag > 1:3268288/1‑150 (MQ=255) gCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTTTTagaga < 2:4189256/150‑1 (MQ=255) gACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTTTTAGAGAgc > 1:2301272/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |