Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 116,052 | G→T | 12.6% | L95L (CTG→CTT) | ampE → | ampicillin resistance inner membrane protein; putative signaling protein in beta‑lactamase regulation |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 116,052 | 0 | G | T | 12.6% | 798.2 / 59.2 | 231 | L95L (CTG→CTT) | ampE | ampicillin resistance inner membrane protein; putative signaling protein in beta‑lactamase regulation |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/103); new base T (13/17); total (111/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TGACCATTATTGCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTATCTGACAGCTGCTTCACGTAATGATAGCCATGCCCGTGCCACGATGGCTGGCGAACTCACCATGATTCACGGCGTCCCGGCAGGCTGCGACGAACGTGAGTATTTGCGTGAGCTGCAAAATGCATTGCTGTGGATTAACTTTCGTTTTTATCT > CP009273/115904‑116201 | aCCATTATTGCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTATCTTACa < 1:1641903/150‑1 (MQ=255) aCCATTATTGCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTATCTGACa < 1:4213079/150‑1 (MQ=255) ccATTATTGCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTATCTGACAg < 1:3816261/150‑1 (MQ=255) 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tGACAGCTGCTTCACGTAATGATAGCCATGCCCGTGCCACGATGGCTGGCGAACTCACCATGATTCACGGCGTCCCGGCAGGCTGCGACGAACGTGAGTATTTGCGTGAGCTGCAAAATGCATTGCTGTGGATTAACTTTCGTTTTTATc > 2:3513965/1‑150 (MQ=255) tGACAGCTGCTTCACGTAATGATAGCCATGCCCGTGCCACGATGGCTGGCGAACTCACCATGATTCACGGCGTCCCGGCAGGCTGCGACGAACGTGAGTATTTGCGTGAGCTGCAAAATGCATTGCTGTGGATTAACTTTCGTTTTTATc > 2:1974056/1‑150 (MQ=255) | TGACCATTATTGCGATGGGCGTGACTTTTTTACTGTTACGCGCATTGCAGGGAGTATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGCTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTTCATTATCATGCTTATCTGACAGCTGCTTCACGTAATGATAGCCATGCCCGTGCCACGATGGCTGGCGAACTCACCATGATTCACGGCGTCCCGGCAGGCTGCGACGAACGTGAGTATTTGCGTGAGCTGCAAAATGCATTGCTGTGGATTAACTTTCGTTTTTATCT > CP009273/115904‑116201 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |