| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,554,588 | G→T | 46.0% | A200E (GCG→GAG) | ddpB ← | D‑ala‑D‑ala transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,554,588 | 0 | G | T | 46.0% | 188.9 / inf | 252 | A200E (GCG→GAG) | ddpB | D‑ala‑D‑ala transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/63); new base T (58/58); total (131/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CGATATACCAGCCGGGCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAAGAAGACTTCACCGTTGCCTTCAAGCAGCGCATCGAGCAGATAAAAGCCGGTAACGTGCGTTGGTGGATCCAGCCAGTCATCAAGCCTTCCGCCGCCGGGAAGAATTTGCAGATGACCATAAAACAGCACAATGACGCCCAGC > CP009273/1554439‑1554737 | cGATATACCAGCCGGGCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACg < 2:2401782/150‑1 (MQ=255) atatACCAGCCGGGCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACTCa < 2:1157458/150‑1 (MQ=255) ataCCAGCCGGGCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACTCAtt > 1:4135344/1‑150 (MQ=255) cAGCCGGGCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTgaag < 2:245250/150‑1 (MQ=255) ccGGGCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGaagaag < 2:1608232/150‑1 (MQ=255) cGGGCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAagaaga > 2:3968406/1‑150 (MQ=255) gggCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACTCATTGAAGAAGAc < 2:1177287/150‑1 (MQ=255) gggCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGACGAAGAc > 1:2588783/1‑150 (MQ=255) gggCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAAGAAGAc < 1:4389121/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAAGAAGACt < 1:3085399/150‑1 (MQ=255) cAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAAGAAGACTTc < 1:460463/150‑1 (MQ=255) cAAGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAAGAAGACTTc < 1:3906302/150‑1 (MQ=255) aaGCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAAGAAGACTTCa < 1:554646/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACTCATTGAAGAAGACTTCAcc > 1:4060738/1‑150 (MQ=255) cGCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAAGAAGACTTCACCGt > 2:2360063/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACTCATTGAAGAAGACTTCACCGtt < 1:2889110/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACGCATTGAAGAAGACTTCACCGtt < 1:2148827/150‑1 (MQ=255) cTGGCCCGGGCGGTACGAATGTAGTCTTCACTCAATTGTTCCAGCATCGCTGAGCGGATCTGGCGAGCGACAATTCCCAGGTGAACGAACGCCAGCGTTAATGCCGGTAAGATGAGATGTTGCAACTCATTGAAGAAGACTTCACCGTTg < 1:3713792/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |