| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,582,058 | A→C | 5.4% | W166G (TGG→GGG) | ydeR ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,582,058 | 0 | A | C | 5.4% | 813.4 / 35.5 | 259 | W166G (TGG→GGG) | ydeR | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (134/111); new base C (10/4); total (144/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TTACAACTGAAGGCAAAAACTTTGCCTGCCATTAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCAT > CP009273/1581909‑1582207 | ttACAACTGAAGGCAAAAACTTTGCCTGCCATTAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCa > 2:472571/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGGCAAAAACTTGGCCTGCCATTAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGgtgt < 1:3662394/149‑1 (MQ=255) aCTGAAGGCAAAAACTTTGCCTGCCATTAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCCGgtgt > 2:3979065/1‑150 (MQ=255) 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atcgaCGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCAt < 1:1628472/150‑1 (MQ=255) tcgaCGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCAtt < 1:4554837/150‑1 (MQ=255) gaCGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCAtttt > 1:2745410/1‑150 (MQ=255) gaCGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCAtttt > 1:4332425/1‑150 (MQ=255) aCGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCAttttt < 2:443463/150‑1 (MQ=255) aTTGCCCGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAGCCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACg > 2:687488/1‑150 (MQ=255) aTTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACg < 1:4585363/150‑1 (MQ=255) gCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACgcag < 1:1193608/150‑1 (MQ=255) gCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACgcag < 1:3210420/150‑1 (MQ=255) cAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACgcagca < 2:2839432/150‑1 (MQ=255) aGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCAt < 2:601610/150‑1 (MQ=255) aGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCAt > 1:662201/1‑150 (MQ=255) | TTACAACTGAAGGCAAAAACTTTGCCTGCCATTAATAGAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCAT > CP009273/1581909‑1582207 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |